Selain risiko atas perubahan iklim (climate change), Pupuk Kaltim juga menyadari bahwa hal tersebut mengakibatkan pola cuaca dan musim menjadi tidak menentu. Meskipun Pupuk Kaltim bukan berada pada wilayah yang rentan dengan kelangkaan air, namun Pupuk Kaltim juga berupaya melakukan pengelolaan air dengan bijak sebagai wujud kontribusi  dalam mengurangi dampak perubahan iklim. Sebagai upaya lebih lanjut dalam pengelolaan air Pupuk kaltim telah melakukan desalinasi untuk mengubah air laut menjadi air tawar yang dapat dimanfaatkan untuk kebutuhan produksi. Lebih lanjut Pupuk Kaltim juga telah melakukan analisa risiko terkait adanya pemanfaatan air tanah,

Risiko terkait  air Pupuk Kaltim yang telah teridentifikasi sebagai berikut:

1. Ketergantungan dengan kebutuhan air tanah dalam untuk fasilitas penunjangnya, padahal air tanah dalam terbatas jumlahnya dan dibatasi pengambilannya oleh pemerintah. Untuk memitigasi risiko tersebut, Pupuk Kaltim berupaya mengurangi ketergantungan terhadap air tanah diantaranya dengan Pemanfaatan Air Hujan sebagai flushing toilet di Perkantoran dan Pemanfaatan Air kondensasi AC sebagai sumber air bersih di Perkantoran;
2. Seperti yang  kita ketahui bahwa dampak dari peningkatan pemakaian air menyebabkan timbulnya risiko penurunan kuantitas dan kualitas air tawar. Dengan menurunnya kuantitas dan kualitas air tawar secara tidak langsung dapat menurunkan ketersediaan air bersih dari alam. Oleh karena itu untuk memitigasinya perusahan membuat program penanaman pohon dan menjaga hutan di area Perusahaan untuk meningkatkan penyerapan air hujan dan air permukaan ke dalam tanah. Hutan yang memiliki ekosistem yang bagus akan menjernihkan air permukaan secara alami;
3. Terdapat risiko terbatasnya jumlah air tawar, sementara diprediksi kebutuhaan air di mana mendatang akan semakin tinggi. Atas risiko tersebut mitigasi yang dilakukan adalah dengan pembuatan kolam penampungan air untuk menyimpan air permukaan agar bisa digunakan sebagai air tawar di area Penunjang Industri;
4. Ada risiko menurunnya kualitas air di masa depan. Atas risiko tersebut Pupuk Kaltim melakukan upaya untuk memastikan kadar pencemar air limbah yang dibuang ke lingkungan tidak melebihi ambang batas yang ditetapkan oleh pemerintah;
5. Adanya risiko meningkatnya kebutuhan air tanah untuk keperluan domestik di masyarakat buffer zone karena peningkatan jumlah penduduk di sekitar industri. Atas risiko tersebut mitigasi  yang  dilakukan adalah memberikan bantuan Corporate Social Responsibility (CSR) berupa raw water ke masyarakat sekitar;
6. Adanya pembatasan penerbitan Surat Izin Pengusahaan Air Tanah (SIPA) dari Pemerintah padahal kebutuhan air tawar Perusahaan meningkat, sementara memproduksi air dari air laut membutuhkan biaya dan energi yang cukup besar per m3 produk air tawarnya. Atas risiko tersebut Pupuk Kaltim membuat program efisiensi penggunaan air dan membangun kolam penampungan air hujan untuk digunakan sebagai air industri.